معرفی نویسنده

کریم رحیمیان

دانشجوی ارشد رشته بیوانفورماتیک( دانشگاه تربیت مدرس)

توسعه استراتژی ژنومیک برای دنبال کردن ویروس‌های کرونا  

توسعه استراتژی ژنومیک برای دنبال کردن ویروس‌های کرونا  

 

 تیمی از محققان در حال استفاده از یک فناوری تعیین توالی ژنوم هستند که سریع است و می‌تواند به شناسایی منبع نمونه‌های کرونایی کمک کند. 
محققان موسسه تحقیقات پزشکی گاروان و موسسه کربی در UNSW سیدنی به لطف فناوری روش تعیین توالی ژن پیشرفته nanopore، سریعترین استراتژی تعیین توالی ژن را برای ویروس کرونا، در استرالیا ایجاد کرده‌اند. پیشرفت فناوری، این امکان را دارد که سرنخ‌های مهم و به موقع را، برای چگونگی ارتباط موارد عفونت SARS-CoV-2 شناسایی کند. 
محققان امروز یک رهنمود اعتبارسنجی و بهترین روش برای تعیین توالی SARS-CoV-2 را در nature منتشر کردند، که امیدوارند بتوانند باعث جذب بیشتر فن‌آوری در زمینه توالی‌یابی سریع، برای اقدامات بهداشتی در استرالیا و خارج از کشور شود.
هر بار که ویروس SARS-CoV-2 از شخصی به فرد دیگر منتقل شود، ممکن است خطاهای همانندسازی، ایجاد کند که باعث تغییر در برخی از 30 هزار نوکلوتید ژنتیکی آن شود. با شناسایی این تغییرات ژنتیکی، می‌توان ارتباط بین انواع مختلف ویروس‌های کرونا را شناسایی کرد. این مسئله می‌تواند به شناسایی اینکه یک نمونه مبتلا به کرونا، از کجا مبتلا شده است و چه کسی یا کسانی را ممکن است مبتلا کرده باشد، کمک کند.
هر بار که SARS-CoV-2از یک شخص به شخص دیگر منتقل می‌شود، ممکن است که در هنگام همانندسازی هر یک از 30000 حرف ژنتیکی خود دچار خطا شود. با شناسایی تغییرات ژنتیکی، ما می‌توانیم متوجه شویم که کدام یک از نمونه‌های کرونا به هم ارتباط دارند، همچنین این تغییرات نشان می‌دهد که نمونه یک فرد از کجا آمده است و ممکن است به چه اشخاصی منتقل شده باشد.
پروفسور Bull می‌گوید، تست‌های ژنتیکی برای دنبال کردن رد انتقال ویروس در مواردی که تنها تماس‌های اپیدمیولوژیک بررسی شده‌ی ناشناخته وجود دارد، بسیار حیاتی است. با ایجاد تاریخچه تکاملی ویروس یا درخت خانوادگی آنها،  می‌توانیم رفتارهایی که منجر به شیوع ویروس می‌شود را شناسایی کنیم و به این وسیله شیوع‌های بسیار گسترده را مورد بررسی و تحلیل قرار دهیم.
زمانی که یک نمونه ویروس کرونا ناشناخته،  شناسایی می‌شود، هر دقیقه حائز اهمیت است.  در گاروان، ما از توانایی های توالی یابی سریع ژن توسعه داده شده، برای توالی یابی یک کرونا ویروس استفاده کردیم و این کار تنها در چند ساعت (کمتر از 4 ساعت) انجام شد. 
تعیین دقیق روش انتقال SARS-CoV-2 بسیار مهم است NSW Health Pathology با موسسه گاروان و موسسه کربی برای توسعه سریعتر توالی یابی ژن SARS-CoV-2 همکاری کردند تا قابلیت‌های توالی یابی را افزایش دهند و از آن به منظور ردیابی سریعتر افرادی که در تماس با covid بودند استفاده کردند، تا در نهایت بتوانند در کمترین زمان ممکن عملیات قرنطینه و ردیابی بیماران را انجام دهند. 
روش‌های توالی‌یابی استاندارد در حال حاضر، قادرند که خوانش‌های ژنتیکی کوتاه را فقط با 100-150 حرف ژنتیکی درواحد زمان بخوانند، در حالی که فن آوری‌های Nanopore محدودیتی برای طول قطعات DNA ندارند و می‌توانند با سرعت بیشتری توالی کامل یک ژنوم ویروسی را تعیین کنند. دکتر Deveson می‌گوید: "با این حال، مانند بسیاری از فن آوری‌های نوظهور، نگرانی‌هایی در مورد صحت تعیین توالی nanopore وجود دارد" ما در مقاله خود به این نگرانی‌ها پرداختیم و نکات حائز اهمیت را به صور مفصل بیان کرده‌ایم.
تجزیه و تحلیل‌ها نشان می‌دهد که روش تعیین توالی nanopore بسیار دقیق است. این روش در 157 بیمار کرونا مثبت مختلف، دارای حساسیت و دقت 99% بوده است.

https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201209094321.htm‏             

کلید واژه ها: #کرونا #توالی یابی #ژنومیکس #sars-cov-2 #رهگیری