معرفی نویسنده

پرهام حاجی شفیع

دانشجوی ارشد بیوانفورماتیک (دانشگاه تربیت مدرس)

یش‌بینی برهمکنش پروتئین - پروتئین با ادغام دو ترکیب شبه Chou's مختلف و استفاده از روش نویز زدایی مبت

یش‌بینی برهمکنش پروتئین - پروتئین با ادغام دو ترکیب شبه Chou's مختلف و استفاده از روش نویز زدایی مبت

تحقیقات در زمینه برهمکنش های پروتئین - پروتئین نه تنها کمک بزرگی به درک معناداری از طبیعت است بلکه یک اصل مهم در زمینه شناخت بیماریها و عملکرد آنها بوده همچنین برای حوزه طراحی دارو بسیار مهم و کاربردی است. ازآنجایی که تعداد برهمکنش های پروتئین - پروتئین بسیار زیاد است روش های آزمایشگاهی و تجربی قادر به حل مسئله نبوده و نیاز به روش های پیشبینی محاسباتی، محسوس می باشد. در سال های اخیر روش های محاسباتی زیادی مبنی بر پیشبینی این برهمکنش های شیمیایی طراحی و ارائه شده اند. در این مقاله روشی مبتنی بر ترکیب نسبت اجزای سازنده شبه اسید آمینه های پروتئین و اتوکوواریانس و همچنین نویز زدایی به وسیله توابع موجک معرفی شده است که نسبت به روشهای ارائه شده پیشین دقت بسیار بالاتری دارد.

 دراین روش اسید های آمینه به چهار گروه اسیدهای آمینه قطبی، غیر قطبی، اسیدی و بازی تقسیم می شود که از این چهار گروه اسید آمینه سه خوشه ترکیبی دومجموعه ای از اسید های آمینه در نظرگرفته می شود(ترکیب دودویی تمامی گروه های اسید آمینه بالا) و در نهایت با توجه به اینکه هر اسید آمینه عضو گروه اول یا دوم مجموعه ی خوشه باشد عدد صفر یا یک به آن نسبت می دهیم.
با این کار سه مجموعه از صفر و یک ها بوجود می آید که می توان آن ها را بصورت موج در نظر گرفت. در این تحقیق عملیات آنالیز سیگنال با استفاده از توابع موجک (Wavelet)  به منظور نویز زدایی بر روی داده های تولید شده انجام شده و خروجی توابع موجک با استفاده از توابع معکوس موجک بازسازی می شود. حال داده هایی در اختیار داریم که نویز زدایی شده و قابلیت دسته بندی بهینه دارد. در این تحقیق از سه دسته بند مختلف برای خوشه بندی داده ها استفاده شد که در این میان دسته کننده         SVM (Support Vector Machine) نتایج عملکرد بسیار بهتری از خود نشان داد بطوریکه در تست اعتبار سنجی پنج لایه ای(five fold cross validation) با دقت 96.33% ( افزایش حدودی ده درصدی) از روشهای پیشین پیشی گرفت.

منبع : https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0022519318305642

 

کلید واژه ها: ##تبدیل_موجک ##نویز_زدایی ##برهمکنش_پروتئین_پروتئین ##دسته_بندی ##بیوانفورماتیک

telegram