معرفی نویسنده

نیلوفر سید مجیدی

کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک ( دانشگاه تربیت مدرس)

وب سرورهای غربالگری مجازی: طراحی پروب های شیمیایی و داروهای کاندید در فضای مجازی

وب سرورهای غربالگری مجازی: طراحی پروب های شیمیایی و داروهای کاندید در فضای مجازی

تعامل علوم زندگی و تکنولوژی های در حال پیشرفت چرخه ی پیوسته ای از رشد داده را سبب شده است. این داده ها معمولا در پایگاه داده هایی که برای عموم در دسترس هستند ذخیره شده است. در عین حال الگوریتم های بسیار زیادی در حال توسعه هستند تا این  داده ها را به همراه اطلاعات زیستیشان پردازش کنند. غربالگری مجازی (virtual screening) یکی از متداول ترین رویکردهای محاسباتی در مطالعات دارویی است. امروزه ابزارهای مبتنی بر وب زیادی برای انجام آن در دسترس است. این مقاله به بررسی منابع اینترنتی میپردازد که بر کشف دارو به وسیله غربالگری مجازی لیگاند و داکینگ (docking) مولکول های کوچک تاکید دارند. در ابتدا این مطالعه به معرفی مفاهیم اولیه ای در این حوزه پرداخته و در ادامه ابزارهای تحت وب دردسترس و جدیدی که برای غربالگری مجازی در دسترس هستند را معرفی می کند. این ابزارها نه تنها به کمک روش های جایگزینی مجدد دارو آمده اند، بلکه به پدید آمدن ایده های جدید و کاوش در فرضیه های مختلف موجود در زمان قابل قبولی نیز کمک می کند و در عین حال می‌توانند در تدریس مباحث حوزه توسعه دارو نیز مشارکت داشته باشند.

در این مقاله به بررسی مختصر پایگاه داده های مطرح در جستجوی شباهت دو بعدی بر اساس لیگاند پرداخته شده است که در آنها معمولا می توان فایل مورد نظر را بارگذاری کرد یا آن ترکیب را به وسیله ابزار تعبیه شده در سایت کشید. از جمله این ابزارها می توان ChEMBL، SureCheMBL، PubChem، DrugBank و ZINC را نام برد.

به همچنین ابزارهایی برای جستجوی شباهت دوبعدی و سه بعدی و محاسبه ویژگی های مولکولی معرفی شده است. از جمله این ابزارها می توان به ChemDes، ChemMine tools و ZincPharmer اشاره کرد.

در ادامه به معرفی ابزارهایی که کمک به پیاده سازی مدل های یادگیری ماشین برای LBVS می کنند، پرداخته است. از جمله این ابزارها ChemSAR، DPudChem و DeepScreen هستند.

این مقاله علاوه بر ابزارهای ذکر شده، در تمامی رویکردهای انجام غربالگری مجازی ابزارهای بسیار زیادی را معرفی کرده است که به انتخاب ابزار بهتر برای انجام پروژه های طراحی دارو کمک می‌کنند.

 

منبع:

https://doi.org/10.1093/bib/bbaa034

 

کلید واژه ها: #طراحی دارو #virtual screening #غربالگری مجازی #وب سرور #کشف دارو

telegram