معرفی نویسنده

علیرضا دوست محمدی

دانشجوی ارشد بیوانفورماتیک(دانشگاه تربیت مدرس)

روشی غنی برای انتخاب مجموعه پروب های بهینه متناظر با ژن

روشی غنی برای انتخاب مجموعه پروب های بهینه متناظر با ژن

برای تفسیر ریزآرایه های (microarray) بیان ژن باید رابطه میان مجموعه پروب های ریز آرایه و ژن مدنظر مان را بررسی کنیم. این رابطه در اکثر چیپ های ریزآرایه شرکت Affemetrix  یک رابطه یک به یک نیست و ممکن است ژن مورد نظر به وسیله مجموعه پروب های متعددی تشخیص داده شود. موضوع از این بایت اهمیت پیدا می کند که نتایج حاصل از این مجموعه پروب ها گاهی با یکدیگر در تناقض اند! بنابراین یافتن تخمینی از ژن مدنظر می تواند در انتخاب پروب ها و تفسیر صحیح آن راه گشا باشد. با این هدف،  نویسندگان این مقاله یک روش امتیاز دهی توسعه داده اند که از مزایای آن می توان به افتراق مجموعه پروب های مشابه و کاهش آلودگی داده های حاصل اشاره کرد.

✅استفاده از این روش امتیاز دهی منجر به تناظر یک به یک  میان مجموعه پروب و ژن مدنظر می شود و پیچیدگی ها و خطاهای حاصل از انتخاب پروب ها را کاهش می دهد.

💡برای تست این روش، تطابق مقادیر پروتئین و مقادیر بیان ژن و همچنین تشابه مجموعه های ژن هایی که همبستگی دارند ارزیابی شده است. نتایج حاصل از هر دو تست نشان دهنده دقت بالای این روش امتیاز دهی در تشخیص ژن هایی که با چند مجموعه پروب رابطه دارند و  همچنین انتخاب بهترین مجموعه پروب است.

📝این روش، تناظر ساده و بی ابهامی میان پروب ها و ژن فراهم می کند تا ارزیابی بیان ژن ها با سهولت و دقت بالایی انجام شود.

لینک مقاله:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3266307/

کلید واژه ها: #ریزآرایه # پروب #Affemetrix #microarray #

telegram