معرفی نویسنده

مریم رفیعی پور

دانشجوی ارشد رشته بیوانفورماتیک( دانشگاه تربیت مدرس)

تولید دستگاه قابل‌حمل توالی‌‌یاب

تولید دستگاه قابل‌حمل توالی‌‌یاب

✅ یک شرکت انگلیسی به نام Oxford Nanopore Technologies اولین دستگاه قابل حمل توالی‌یابی DNA 🧬 را تولید کرده‌است. این دستگاه USB با نام minION کوچک‌تر از یک تلفن معمولی است و برای توالی‌یابی رشته‌های طولانی DNA به یک لپ‌تاپ معمولی 💻 متصل می‌شود. minION قبلاً برای توالی‌یابی ژنوم انسانی مورد استفاده قرار گرفته‌است و همچنین توانسته‌است برخی از شکاف‌های شناخته شده در داده‌ها را پر کند.

✅ این دستگاه بر روی آنچه فناوری nanopore نامیده می‌شود کار می‌کند. داخل یک مولکول پروتئین منافذی وجود دارد که در یک غشای مصنوعی تعبیه شده و در یک مایع غوطه‌ور است. هنگامی که یک ولتاژ در غشاء اعمال می‌شود، یون‌ها از درون منافذ جریان می‌یابند و می‌توان جریان الکتریکی را اندازه‌گیری کرد. انسداد منافذ توسط هر مولکول دیگر مانند DNA منجر به افت جریان الکتریکی می‌شود.

مولکول DNA از چهار نوع باز مختلف تشکیل شده‌است: آدنین (A)، تیمین (T)، گوانین (G) و سیتوزین (C). هر یک از این بازها جریان را در سراسر منافذ به سطوح مختلف تغییر می‌دهند. بنابراین با اندازه گیری جریان، می‌توان چهار باز مختلف را شناسایی کرد و با تکرار این کار، minION می‌تواند توالی A  ،T ،G و C را روی رشته های DNA بخواند.

📝به نقل از Bloomberg، توالی‌یاب  minION بسیار سریع‌تر از سایر دستگاه‌های تعیین توالی ، مانند Illumina  وسایر دستگاه‌های توالی‌یاب در بازار است. minION با رشته‌های DNA طولانی‌تر ، حدود 882،000 جفت باز کار می‌کند ، در صورتی که سایر دستگاه‌های توالی‌یاب با طول خوانش‌های کوتاه‌تر از 100-200 جفت باز کار می‌کنند. یک مزیت بارز این روش این است که اجازه می‌دهد تا برخی ویژگی‌های اپی ژنتیکی مانند متیلاسیون حفظ شود.

❌ نقطه ضعف اصلی سیستم minION این است که میزان خطای آن 1 در 100 باز است که بسیار بیشتر از سایر فناوری‌های تعیین توالی است، اگرچه با اندازه‌گیری‌های مکرر می‌توان تا حدودی این خطا را جبران کرد.

📌منبع:
https://thewire.in/science/handheld-device-set-to-take-over-dna-sequencing-industry

کلید واژه ها: # باز آلی #توالی یابی #DNA #minION #غشای مصنوعی

telegram