معرفی نویسنده

علیرضا دوست محمدی

دانشجوی ارشد بیوانفورماتیک(دانشگاه تربیت مدرس)

تشخیص کمپلکس های پروتئینی و دسته بندی کمی آن با CN-PAGE

تشخیص کمپلکس های پروتئینی و دسته بندی کمی آن با CN-PAGE

 اکثر فرایندهای سلولی بر عهده ی کمپلکس های پروتئینی است. پیش از این شناسایی کمپلکس های پروتئینی به کمک ترکیبی از  روش های جداسازی بر حسب اندازه و  طیف سنجی جرمی انجام شده است.  با این حال، بسیاری از این روش ها فاقد اطلاعات کمی جهت درک چگونگی تاثیر تغییرات فراوانی و ترکیب کمپلکس های پروتئینی بر شارهای متابولیکی هستند.

🌿در این مقاله رویکرد مطالعه کمی کمپلکس های پروتئینی در گیاه آرابیدوپزیز(Arabidopsis) در پایان روز و در پایان شب ارائه شده است.

💡مشاهدات این مقاله نشان می دهد تقسیم اندازه کمپلکس های پروتئینی به وسیله CN-PAGE همراه با طیف سنجی جرمی می تواند جهت ایجاد پروفایل های فراوانی در طول شیب وزن مولکولی مورد استفاده قرار گیرد. علاوه بر آن با تجزیه پروفایل های فراوانی کمپلکس پروتئینی می توان به طور قابل ملاحظه ای خوشه بندی پروفایل های پروتئینی را بهبود بخشید.

این مقاله از فاصله اقلیدسی بین جفت های پروتئینی برای تشخیص میان کنش های فرضی کمپلکس های پروتئینی و در نهایت تشخیص کمپلکس های پروتئینی استفاده می کند. مقادیر آستانه ای قابل قبول که برپایه یک برش هستند به وسیله آنالیز منحنی مشخصه گیرنده- گرداننده  (Receiver-Operator Characteristic) بهینه شده است.  

📝رویکرد این مقاله تنوع فنی کمی را نشان می دهد و به راحتی می تواند برای مطالعه کمپلکس های پروتئینی در هر سیستم بیولوژیکی استفاده شود.

لینک مقاله:
https://www.nature.com/articles/s41598-019-47829-7

کلید واژه ها: #کمپلکس های پروتئینی #شار متابولیکی #پروتئومیکس # #

telegram