معرفی نویسنده

رایحه وفایی

دانشجوی دکترا بیوفیزیک (دانشگاه تربیت مدرس)

نرم افزار PhysiCell

نرم افزار PhysiCell

💻 نرم افزار PhysiCell یک شبیه ساز سلولی مبتنی بر علم فیزیک و متن باز جهت شبیه سازی سیستم های چند سلولی:

🔴 بسیاری از سوالات مطرح شده در رابطه با سیستم های چند سلولی؛ تنها با مطالعه چگونگی حرکت سلول ها‍‍، رشد و تقسیمشان، برهمکنش ها و مرگ سلول ها پاسخ داده خواهند شد. پویایی سیستم ها در مقیاس یک بافت حاصل برهمکنش بین سلول ها، سلول ها با محیط اطرافشان و پاسخی که می دهند می باشد. یک آزمایشگاه مجازی ایده آل، آزمایشگاهی است که بتواند محیط بیوشیمیایی و بسیاری از برهم کنش های مکانیکی و بیوشیمیایی میان سلول ها را شبیه سازی کند.

🔹نرم افزار PhysiCell (شبیه ساز سیستم های چند سلولی بر مبنای علوم فیزیکی) یک شبیه ساز عامل محور به صورت متن باز است که برای مطالعه بسیاری از برهمکنش های سلولی در محیط های زیستی پویا می باشد. این شبیه ساز بر اساس انتقالات زیستی چند سوبسترایی است که فنوتیپ سلول ها را به انتشار سوبستراها و فاکتورهای انتقال پیام مرتبط می سازد. این شبیه ساز مدل های جزئی تری مانند چرخه سلولی، آپوپتوز، نکروز، تغییرات حجمی مواد و ... را شامل می شود. 

🔶 نرم افزار PhysiCell با زبان c++ نوشته شده است که ملزومات نرم افزاری اندکی نیاز دارد و موجب می شود که برنامه روی بستر (پلت فورم) های مختلف قابل اجرا باشد. این برنامه باOpenMP قابلیت موازی سازی دارد و با کامپیوترهای ۴ هسته ای معمولی می توان سیستم هایی با تعداد ۱۰۶ -۱۰۵ سلول را شبیه سازی کرد، اما مجموعه هایی با تعداد سلول های بالاتر را می توان روی HPC (کامپیوترهایی با سرعت پردازش بالا) شبیه سازی نمود.

📌منبع این خبر:
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005991

منبع: https://t.me/Iran_Bioinformatics/516

کلید واژه ها: #PhysiCell # نرم افزار #برهمکنش سلولی #بیوشیمیایی #

telegram