معرفی نویسنده

سحر برهانی

دانشجوی دکترا بیوفیزیک (دانشگاه تربیت مدرس)

معرفی نرم افزار InTAD

معرفی نرم افزار InTAD

🔴 آنالیز هدایت شده ساختارهای کرموزومی در ژن های مورد هدف تشدیدکننده ها


 فناوری های با ظرفیت بالا جهت آنالیز ساختارهای کروموزومی در مقیاس ژن آشکار کرده اند که کروماتین در دُمین های مرتبط از لحاظ توپولوژیکی سازمان یافته است که به آن  TAD گفته می شود. TADها در همه انواع سلولی نسبتا پایدار هستند، در حالی که فعالیت های intra-TAD اختصاصی نوع سلول می باشد. پروفایل های اپی ژنتیک بافت ها و سلول های مختلف منجر به شناسایی عناصر تنظیمی غیرکدکننده متععدی تحت عنوان 'تشدیدکننده' شده است که با نواحی کدکننده فاصله زیادی دارند.


📈 تقریب خطی، معیار انتخابی رایجی برای بررسی وابستگی تشدیدکننده با ژن های هدف بالقوه شان می باشد. تشدیدکننده ها غالبا نزدیک ترین ژن را تنظیم می کنند، اما شناسایی بدون ابهام ژن های تنظیم شده توسط تشدیدکننده ها در غیاب نمونه داده های ساختارهای کروموزومی تطبیق یافته همچنان چالش برانگیز است.


🖥 در این پروژه، برای وابستگی تشدیدکننده ها و ژن های هدفشان روشی به کار گرفته شده است که همبستگی قابل توجه میان تشدیدکننده و بیان ژن در طول یک گروه از نمونه ها را آزمایش می کند. جهت کاهشِ تعداد آزمایش ها، این آنالیز به جفت های ژن-تشدید کننده قرار گرفته در TADهای مشابه محدود شده است و اطلاعات مربوط به این مرزهای TAD از داده های ساختارهای کروموزومی (Hi-c) که در دسترس عموم قرار دارند، برداشته شده است. این روش به صورت یک پکیج بیوکنداکتور R به نام InTAD پیاده سازی و با آنالیز داده های بیان ژن و تشدیدکننده حاصل از تومور مغزی ependymma ارزیابی شده است.
 
منبع:
https://t.me/Iran_Bioinformatics/252

کلید واژه ها: # # # # #

telegram