آموزش کاربردی CD-HIT

اطلاعات دوره

%0
تخفیف

  • مدت زمان دوره:00:31:12
  • سطح دوره:متوسط
  • تاریخ بروزرسانی:1399/7/23
  • قیمت دوره:0 0 تومان



ثبت نام

بستن فرم

معرفی مدرس

نیلوفر سید مجیدی

کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک ( دانشگاه تربیت مدرس)

توضیحات و سرفصل دوره

ابزارCD-HIT به پژوهشگران کمک میکند تا هزینه محاسباتی آنالیزهای خود را به شدت کاهش داده، بسیار سریع بوده و می‌تواند پایگاه‌داده های بزرگ را نیز پردازش کند. از اهداف آن فهمیدن ساختار داده‌ها و حذف bias درون داده‌ها است.

این ابزار در ابتدا برای خوشه‌بندی رشته‌های پروتئینی توسعه یافت تا پایگاه‌داده‌های مرجعی از رشته‌های غیر تکراری ایجاد کند و در ادامه برای پشتیبانی از رشته‌های نوکلئوتیدی و مقایسه دو مجموعه داده با هم گسترش یافت. وب‌سرور آن در سال 2009 ایجاد شد که به کاربران این امکان را می‌دهد که به راحتی و بدون استفاده از command-line از این ابزار بهره برند. در حال حاضر CD-HIT شامل بخش‌های بسیار متنوعی می‌شود که به کمک پژوهشگران آمده‌اند. از جمله این بخش‌ها می‌توان به لیست زیر اشاره کرد.

  * cd-hit: Cluster peptide sequences   

  * cd-hit-est: Cluster nucleotide sequences

  * cd-hit-2d: Compare 2 peptide databases   

  * cd-hit-est-2d: Compare 2 nucleotide databases

  * psi-cd-hit    : Cluster proteins at <40% cutoff   

  * cd-hit Web server: Cluster user-uploaded data

  * cd-hit-para: Cluster sequences in parallel on a computer cluster   

  * scripts: Parse results and so on

  * h-cd-hit: Hierarchical clustering        

در این سری از ویدیوها این ابزار بسیار معروف و پرکاربرد معرفی شده و تلاش بر این بوده که کار با وب سرور این ابزار به شما آموزش داده شود

سرفصل دوره ها

ردیف سرفصل دوره مدت زمان دانلود

0
X

شما هنوز وارد سایت نشده اید.برای ثبت نام دوره ها باید عضو سایت باشید!

ورود به سایت

1 1

telegram